Item-item tersebut kemudian dihilangkan dalam perhitungan final quantity karena berdasarkan liasil pemeriksaan akhir/ perhitungan kembali volume pekerjaan, item-item tersebut memang tidak dilaksanakan di lapangan. Adapun pihak PPK tidak mengecek ulang perhitungan bobot pekerjaan yang menjadi dasar penagihan karena PPK telah mendelegasikan kegiatan pengecekan tersebut yang merupakan bagian dari fungsi direksi teknis kepada pihak Manajemen Konstruksi (MK) melalui kontrak dan KAK pekerjaan MK. Selain itu dalam kontrak pekerjaan konstruksi juga disebutkan bahwa Konsultan MX merupakan wakil sah PPK.
Pemeriksaan lebih lanjut melalui pemeriksaan fisik bersama, PPK, Penyedia
Jasa dan Konsultan MK menunjukkan item-item pekerjaan yang telah ditagihkan melalui termijn 11 dan 12 tersebut tidak dilaksanakan oleh Penyedia Jasa.
Selain permasalahan tersebut, juga ditemukan kekurangan volume pekerjaan Perkerasan
Konblock, Perkerasan Beton dan Pekerjaan Pengadaan dan Pemasangan Pintufolding gate. Adapun rekapitulasi nilai pekerjaan yang tidak dilaksanakan sesuai kontrak sebagaimana
tersaji dalam tabel berikut:
Kondisi tersebut mengakibatkan kelebihan pembayaran sebesar Rp20.826.339.266,25. Maka dari itu, Menteri PUPR melalui Dirjen Cipta Karya, menginstruksikan kepada PPK terkait melalui Kepala Satker PPBLS untuk mempertanggungjawabkan kelebihan pembayaran sebesar Rp20.826.339.266,25 dengan penyetoran ke Kas Negara.